L’orgue d’Épinay-sur-Orge est un orgue Merklin, d’esthétique romantique, construit en 1868 ; cette date est inscrite sur un tuyau de Basson-Hautbois. Il fut acheté en 1886 aux Pères Passionnistes, avenue Hoche à Paris. Le facteur d’orgue Merklin en a assuré le démontage et le remontage. L’instrument fut inauguré solennellement le 3 juillet 1887. On dit que le célèbre compositeur et organiste César Franck l’aurait tenu pour cette inauguration. En mars 1913, grâce au soutien des habitants d’Epinay-sur-Orge, une première restauration de l’orgue est confiée à Mr Abbey, facteur d’orgue à Versailles, relatée par le père Guignard, curé d’Epinay en 1913.

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En avril 1975, sous l’impulsion de Jean Jehin, le premier concert pour une nouvelle restauration de l’orgue est donné. Rapidement, une "Association des amis de l’orgue d’Epinay-sur-Orge" est créée où figure dans le comité d’honneur Wilhem Kempff et la présidente d’honneur, Mme Lucie Robert-Diessel. (voir la lettre de Wilhem Kempff).

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L’inauguration des orgues restaurées par le facteur d’orgue Jacques Barberis se tient le 27 novembre 1981 avec notamment Georges Lartigau à l’orgue et la chorale des Jeunesses Musicales de France, sous la direction de Louis Martini, son directeur. Le Requiem de Fauré figure au programme. (Consulter le programme de la soirée)

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Un journaliste recueillait à cette occasion les impressions de Jean Jehin dans un article intitulé : "Sauver les orgues d'Epinay sur Orge". (Consulter l'article).

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Au cours de la restauration complète, le pédalier a été porté de 27 à 30 notes ; il fut également ajouté au clavier grand orgue un plein-jeu de 4 rangs et une doublette de 2 pieds en étain fin. Avec les 280 tuyaux rajoutés, l’orgue en compte à présent 716, dont le plus gros mesure 2,40 m et le plus petit 18 mm. En 1991, l’orgue est entretenu par Jean-Pierre Swidersky.

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L’orgue a ensuite été entretenu jusqu’en 2011 par le facteur d’orgue Jean-Marc Cicchero, puis, depuis 2004, par Stéphane Guerrero, ouvrier de la société CICCHERO, reprise par Philippe, le fils de J.M. Cicchero. En Octobre 2007, ce facteur effectue une rénovation des Jeux de Trompette et Plein Jeu demandée par l’association des Amis de l’Orgue, et financée par la Municipalité d’Epinay-sur Orge.

En février 2012, le facteur d’orgue P. Cicchero a déposé son bilan. Fin 2011, plusieurs facteurs d’orgue ont été contactés par l’Association des Amis de l’Orgue d’Epinay-sur-Orge. La Mairie a choisi de signer un contrat d’entretien avec le facteur Antoine Pascal, facteur depuis 1990 dans l’entreprise familiale menée par son père depuis 1949.